Τρείς ημερομηνίες αποτελούν σταθμό στην εκατονταετή ιστορία του γραφείου μας:
-1912-
Ήταν το 1912 όταν ο ιδρυτής της εταιρίας μας Ματθαίος Σ. Μαρκαντωνάκης υλοποίησε το ονειρό του και ίδρυσε το πρώτο γραφείο της εταιρίας με την επωνυμία «ΜΑΤΘΑΙΟΣ Σ. ΜΑΡΚΑΝΤΩΝΑΚΗΣ». Τα πρώτα γραφεία είχαν έδρα την Ακτή Κουντουριώτη & Ακτή Τομπάζη γωνία στο Ενετικό λιμάνι των Χανίων, στο Γυαλί Τζαμισί (δεξιά πλευρά και κάτω από τον Τούρκικο Μιναρέ). Το Ενετικό Λιμάνι των Χανίων εκείνη την εποχή χρησιμοποιούνταν και ως εμπορικό. Τα γραφεία παρέμειναν εκεί μέχρι τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο όπου και βομβαρδίστηκαν από γερμανικά αεροπλάνα.
-1948-
Το 1948 ο Ματθαίος Σ. Μαρκαντωνάκης μεταφέρει το πρακτορείο στην απέναντι πλευρά της Ακτής Κουντουριώτη κάτω από την οικία του, σε χώρο που μέχρι τότε στέγαζε το προσωπικό του γραφείο καθώς και κάποιες αντιπροσωπείες.
Την ίδια εποχή συμμετέχει στην επιχείρηση και ο πρωτότοκος γιός του Σπυρίδων Μ. Μαρκαντωνάκης και έτσι το πρακτορείο επεκτείνεται.
Για να γίνει αυτό ο Ματθαίος Σ. Μαρκαντωνάκης πουλάει ένα κτήμα ιδιοκτησίας του (Παλιό Τούρκικο Μετόχι) στην περιοχή Συκολιά στο Γαλατά Χανίων, ακριβώς δίπλα στο σημείο προσεδάφισης των πρώτων γερμανών αλεξιπτωτιστών (σήμερα υπάρχει εκεί κτισμένο ιστορικό μνημείο). Με τα χρήματα της πώλησης ιδρύει ναυτική εταιρεία και αγοράζει φορτηγίδες και πλοία. Το πρώτο του πλοίο κάνει την γραμμή Χανιά – Ρέθυμνο – Χανιά – Πειραιάς – Χανιά.
Το πρακτορείο – ναυτική εταιρεία αριθμεί πλέον ένα καράβι και είκοσι δύο φορτηγίδες και λόγω της ανάγκης για επιπλέον βοήθεια συμεττέχουν στην επιχείρηση και άλλοι τρεις γιοί του. Η ναυτική εταιρεία εκσυγχρονίζεται, μεγαλώνει, αποκτά μεγαλύτερα καράβια και αποκτά πλέον καινούρια ονομασία "Μ.ΜΑΡΚΑΝΤΩΝΑΚΗΣ ΚΑΙ ΥΙΟΙ Ε.Π.Ε" με αντικείμενο τις εργασίας ναυτικές εργασίες και αντιπροσωπείες.
Στις αρχές της δεκαετίας του 1950 ανοίγει υποκατάστημα της εταιρείας στον Πειραιά το οποίο επανδρώνουν τα δύο μεγαλύτερα αδέρφια της οικογένειας: ο Σπυρίδων και ο Ιωάννης Μ. Μαρκαντωνάκης ενώ αργότερα μεταφέρουν και την έδρα της εταιρείας εκεί αφήνοντας το υποκατάστημα στα Χανιά.
-1984-
Ακολουθεί η είσοδος της τρίτης γενιάς στην εταιρεία, όπου μετά από πολλές διεργασίες και "ζυμώσεις" η εταιρεία παίρνει την σημερινή της τελική μορφή με την επωνυμία: "Μ.Μαρκαντωνάκης Ναυτικές Εργασίες". Έχοντας κρατήσει ολόκληρη την "κληρονομιά" των προκατόχων (ιστορία, φήμη, αξιοπιστία, ήθος, τιμιότητα, αξιοπρέπεια και φυσικά επαγγελματισμό) έχει στο ενεργητικό της πλήθος συνεργασιών, πρακτορεύσεων - εκπροσωπήσεων πλοίων και ναυτικών εταιρειών. Κυριότερες εξ αυτών είναι η εκπροσώπηση του Στόλου του Ηνωμένου Βασιλείου στην Σούδα για λογαριασμό των κεντρικών πρακτόρων "Ν.Κοτζιάς Ναυτιλιακή" με έδρα τον Πειραιά για την χρονική περίοδο από το 1984-2000, η πολυετής και εξίσου σημαντική συνεργασία μας με τους "Κυλινδρόμυλους Κρήτης Α.Ε.", που συνεχίζεται μέχρι και σήμερα, καθώς και η πρακτόρευση πλήθους γερμανικών, ιταλικών και αμερικάνικων πλοίων και δεξαμενόπλοιων (Ν.Α.Τ.Ο.).